La bandera de Maunabo se organiza de la siguiente manera: terciada en bajo, la banda blanca y las tercias angulares verdes, cada una con un yugo amarillo colocado en situación de banda con su parte inferior vuelto hacia la banda central.

Los esmaltes principales del escudo, plata y sinople (verde), propios de las cañas de azúcar florecidas, simbolizan la principal fuente de riqueza de Maunabo desde su fundación.  La cabria alude a las dos hileras de montañas, dispuestas en forma de V, que por dos lados resguardan al pueblo de Maunabo: Sierra de Guardarraya y Sierra de la Pandura.  El faro representa la edificación más antigua existente en el litoral de la municipalidad.  Los yugos, por último, como emblema de la agricultura, simbolizan a San Isidro Labrador, patrón de Maunabo.