La Bandera de Manatí consiste de una franja blanca en la parte superior, una franja azul en la parte inferior, unidas ambas por una roja al centro.  Estos colores son representativos del fundador de nuestra municipalidad don Pedro Menéndez Valdés, cuyo blasón familiar ostentaba, como principales, esos mismos esmaltes.

El escudo es acuartelado dividido en cuatro partes por dos líneas trazadas en forma de cruz.  En su cartel derecho superior, cruzado con el izquierdo inferior, tiene un templo griego el cuál representa a la ciudad de Atenas, cuyo edificio característico, El Partenón, fue uno de los principales templo dedicados en Grecia a Atenas, diosa de la sabiduría, a la que debió su nombre la ciudad.  En el escudo es alusivo al apelativo de "Atenas de Puerto Rico", por su gran desarrollo intelectual en las décadas de los veinte, treinta y cuarten.  En los cuarteles opuestos, un manatí alusivo al nombre indígena de la ciudad.  Al centro tiene un escudillo cuyas llamas simbolizan las fogatas con que tradicionalmente se celebran las fiestas de Nuestra Señora de la Candelaria, patrona de la ciudad.  Bajo el escudo aparece la leyenda "Atenas de Puerto Rico".  Su corona mural es plateada con ventanales en rojo y es de cinco torres, es insignia genérica de las ciudades y como tal timbra los blasones de las ciudades, villas y pueblos.