La bandera de Luquillo se organiza de tres fajas horizontales, azul la superior, amarilla la central y verde la inferior.  Las de los extremos son del doble de la anhura de la central.  En la bandera puede representarse, superpuesto en su centro, el escudo municipal.

Las montañas representan la sierra de Luquillo, de la que deriva su nombre el pueblo, y la rada de campo de oro, con la sierra al fondo, la playa de Luquillo.  Los ramos de lirios simbolizan al Patriarca San Jose,a cuyo patronato estan acogidos el pueblo y la municipalidad.  La corona mural es timbre distintivo de las ciudades, villas, pueblos y municipalidades, y significa autonomia, unidad, defensa comun.  Las palmas de cocotero que rodean el escudo constituyen otra alusion a la playa de Luquillo, de la que constituyen bellisimo ornamento.