La bandera de Jayuya tiene una historia similar a la del escudo.  Es de forma rectangular.  Sobre un fondo rojo, una franja de pico verdes con bordadura blanca divide horizontalmente la bandera.  La jayuyana Hilda Chévere de Carlo, cosió la primera bandera de Jayuya en el año 1975, en su residencia en el pueblo de Salinas, Puerto Rico.  Esta bella bandera es el símbolo del espíritu de un pueblo que se enorgullece de ser la cuna de la cultura taína y de ser representante de la hospitalidad; valor del pueblo puertorriqueño.  El escudo y la bandera fueron develados en el año 1976, con la asistencia de las autoridades municipales, escolares, líderes cívicos y numerosos estudiantes de la Escuela Intermedia y Superior de Jayuya.  Al momento solemne de izar la bandera, sonaron fuegos artificiales, toques de sirenas y repiques de campanas en señal de alegría, regocijo y profundo orgullo ciudadano.

El escudo de Jayuya es un símbolo heráldico que recoge el patrimonio cultural, histórico y social del pueblo de Jayuya.  Resume la vida de un pueblo que ubicado en el corazón de Puerto Rico, proyecta nobleza, la fe y el sentimiento del hombre de tierra adentro.