La bandera de Isabela deriva su diseño, colores y simbolismos de los del escudo.  Consistirá de tres franjas horizontales de igual anchura, amarillas las de los extremos y verde la de en medio y en su centro podrá llevar superpuesto el escudo de la población y las dimensiones de la bandera serán las usuales en Puerto Rico.

El esmalte verde se ha escogido para simbolizar los primeros habitantes conocidos  de la actual circunscripción municipal de Isabela y de todo Puerto Rico, los indios igneris, quienes ya para el año 800 de nuestra era tenía establecida una aldea en el sitio del actual barrio Coto.  Los igneris  fueron con toda posibilidad los primeros agricultores de Puerto Rico, circunstancia representada por la faja de color verde.  El esmalte oro representa a los indios taínos, que en el lugar mencionado levantaron un poblado alrededor de doscientos años antes del descubrimiento de la Isla por Cristóbal Colón.  Los taínos, también agricultores, se caracterizaron por el uso del oro, que empleaban para hacer adornos, entre ellos al guanín, insignia de los caciques.  Esta particularidad está significada por el esmalte oro del campo del escudo.  La campana, colocada entre dos matas de tuna, es símbolo de ermita, hoy en ruinas y del pueblo San Antonio de la Tuna.  Los gallos representan a los afamados gallos de pelea de Isabela, justamente alabados por su valor y destreza en el combate.  El caballo representa también el celebrado caballo de paso fino de Isabela, destacada exponente de esta variedad equina de Puerto Rico caracterizada por su inigualable gracia y gallardía en el andar.  La corona mural, emblemática de pueblo o ciudad representa espíritu de unión entre los habitantes de un mismo pueblo.